Koufonisi jest ważnym miejscem dla kilkudziesięciu gatunków ptaków wędrownych, które przylatują tu odpocząć i znaleźć pożywienie. Co do gatunków lęgowych, możemy tu znaleźć mewę żółtonogą (Larus cacchinans), ale także inne ptaki morskie, takie jak Burzyk żółtodzioby (Calonectris Diomedea), Shearwater (Puffinus yelkouan), kormoran (Phalacrocorax aristotelis desmarestii) i kilka ptaków drapieżnych, takich jak myszołów (Buteo Rufin), sokół wędrowny (Falco peregrinus) i Sokół Eleonor (Falco eleonorae).
Wśród innych zwierząt są jaszczurki Podarcis erhardi cretensis, które wygrzewają się na białych skałach i mniszki śródziemnomorskie (Monachus - monachus), które czasami pojawiają się w jaskiniach morskich.