Koufonisi est un lieu important pour des dizaines d'espèces d'oiseaux migrateurs qui viennent ici pour se reposer et trouver de la nourriture. Parmi les espèces reproductrices, on trouve le Goéland leucophée commun (cacchinans Larus), mais aussi d'autres oiseaux de mer tels que le Puffin cendré (Calonectris diomedea), le Puffin yelkouan (Puffinus yelkouan), le Cormoran huppé (Phalacrocorax Aristotelis desmarestii) et certains rapaces comme la Buse féroce (Buteo Rufin), le Faucon pèlerin (Falco peregrinus) et le Faucon d'Eléonore (Falco eleonorae).
Les autres animaux incluent le lézard Podarcis erhardi cretensis, qui aime se prélasser sur les rochers blancs et le phoque moine de Méditerranée (Monachus - monachus) que l’on peut apercevoir parfois dans les grottes marines.