Остров Хриси славится уникальным и впечатляющим кедровым лесом, единственным в своем роде в Европе, занимающим площадь 350 гектаров. Этот лес имеет среднюю плотность 14 деревьев на гектар и состоит из деревьев возрастом от 200 до 300 лет, покрывая примерно четверть острова. Эти деревья принадлежат к редкому виду морского можжевельника — Juniperus macrocarpa, достигают высоты до 10 метров, а их стволы могут иметь диаметр до 1 метра. Можжевельники развивают корневую систему, которая простирается как минимум вдвое дальше высоты дерева. Помимо крупных корней, густая сеть тонких, нитевидных корешков образует плотную структуру, стабилизирующую песок.
Число видов растений, встречающихся на Хриси, необычно велико по сравнению с ее размерами, составляя 1/20 от общей флоры Крита. Доминирующая растительность включает можжевельники, кустарниковые кипарисы и мастиковые деревья, которые существуют как в форме кустарников, так и деревьев, а также песколюбивые растения.
Другие замечательные ботанические особенности включают многочисленные морские лилии Pancratium maritimum, которые растут практически на всех пляжах острова, а также песчаные и суккулентные растения рода Silene (Silene ammophila и Silene succulenta) и критский ястребник Crepis cretica. На острове зарегистрировано более 100 видов растений, 13 из которых являются эндемиками Греции, пять — эндемиками Крита, а один вид встречается исключительно на Хриси и нигде больше в мире. Это вид безвременника — Colchicum costurieri.
