Chrissi Island szczyci się unikalnym i spektakularnym lasem cedrowym, jedynym tego rodzaju w Europie, zajmującym obszar 350 hektarów. Las ten ma średnią gęstość 14 drzew na hektar i składa się z drzew w wieku od 200 do 300 lat, obejmujących około jednej czwartej wyspy. Drzewa te należą do rzadkiej odmiany jałowca nadmorskiego, Juniperus macrocarpa, osiągającej wysokość do 10 metrów, a ich pnie mogą mieć średnicę do 1 metra. Jałowce rozwijają system korzeniowy, który rozciąga się co najmniej na dwukrotność wysokości drzewa. Oprócz dużych korzeni tworzy się także rozległa sieć cienkich, nitkowatych korzeni, które stabilizują piasek.
Liczba gatunków roślin występujących na Chrisi jest wyjątkowo wysoka w stosunku do jej wielkości, stanowiąc 1/20 całkowitej flory Krety. Dominującą roślinnością są jałowce, cyprysy krzewiaste i pistacje kleiste, które występują zarówno w formie krzewów, jak i drzew, a także roślinność przystosowana do warunków piaszczystych.
Do innych godnych uwagi cech botanicznych należą liczne lilie morskie Pancratium maritimum, które rosną na niemal wszystkich plażach wyspy, a także rośliny wydmowe i sukulenty z rodzaju Silene (Silene ammophila i Silene succulenta) oraz kreteńska cykoria Crepis cretica. Na wyspie zarejestrowano ponad 100 gatunków roślin, z których 13 jest endemicznych dla Grecji, pięć dla Krety, a jeden gatunek występuje wyłącznie na Chrissi i nigdzie indziej na świecie – to rodzaj zimowita, Colchicum costurieri.
