Chrissi possède une forêt de genévriers unique et spectaculaire, la seule de son genre en Europe, couvrant une superficie de 350 hectares. Cette forêt compte en moyenne 14 arbres par hectare, avec un âge moyen de 200 à 300 ans, et couvre environ un quart de l'île. Ces arbres appartiennent à une variété rare de genévrier de mer Juniperus macrocarpa, pouvant atteindre jusqu'à 10 mètres de hauteur, avec des troncs d'un diamètre pouvant aller jusqu'à 1 mètre. Les genévriers développent un système racinaire qui s'étend sur un rayon au moins deux fois supérieur à leur hauteur. En plus de leurs grandes racines, un vaste réseau de fines radicelles forme un maillage dense qui stabilise le sable.
Le nombre d'espèces végétales présentes sur Chrissi est exceptionnellement élevé par rapport à sa superficie et représente environ 1/20 de la flore de la Crète. La végétation dominante comprend le genévrier, le cyprès arbustif et le lentisque (Pistacia lentiscus), présents sous forme d'arbustes et d'arbres, ainsi qu'une végétation adaptée aux milieux sableux.
D'autres caractéristiques botaniques remarquables incluent les nombreux lis de mer Pancratium maritimum, que l'on trouve sur presque toutes les plages de l'île, ainsi que les silènes des sables et les silènes succulentes (Silene ammophila et Silene succulenta), ainsi que le Crepis cretica. Plus de 100 espèces végétales ont été recensées sur l'île, dont 13 sont endémiques à la Grèce. Parmi elles, cinq sont endémiques à la Crète et une seule espèce se trouve exclusivement sur Chrissi et nulle part ailleurs dans le monde : une espèce de colchique, Colchicum costurieri.
