Chrisi verfügt über einen einzigartigen und spektakulären Wacholderwald, der in Europa seinesgleichen sucht. Er erstreckt sich über eine Fläche von 350 Hektar mit durchschnittlich 14 Bäumen pro Hektar und einem Alter von 200 bis 300 Jahren. Der Wald bedeckt etwa ein Viertel der Insel. Diese Bäume gehören zu einer seltenen Variante des Strand-Wacholders Juniperus macrocarpa, die eine Höhe von bis zu 10 Metern erreichen können, während ihre Stämme einen Durchmesser von bis zu 1 Meter haben. Die Wacholderbäume besitzen ein Wurzelsystem, das sich mindestens in einem Radius ausbreitet, der doppelt so groß ist wie ihre Höhe. Neben den großen Wurzeln bildet ein dichtes Netz aus feinen Wurzeln eine Struktur, die den Sand stabilisiert.
Die Pflanzenvielfalt auf Chrisi ist im Verhältnis zur Größe der Insel außergewöhnlich hoch und entspricht etwa 1/20 der gesamten Flora Kretas. Dominierende Pflanzenarten sind der Wacholder, die Strauchzypresse und die Mastixstrauch (Pistacia lentiscus), die sowohl in Strauch- als auch in Baumform vorkommen, sowie sandliebende Vegetation.
Weitere bemerkenswerte floristische Elemente sind die zahlreichen Strandlilien Pancratium maritimum, die an fast allen Stränden der Insel wachsen, sowie die sandbewohnenden und sukkulenten Leimkräuter (Silene ammophila und Silene succulenta) und der kretische Pippau Crepis cretica. Insgesamt wurden über 100 Pflanzenarten auf der Insel registriert, von denen 13 endemisch in Griechenland sind. Fünf dieser Arten sind ausschließlich auf Kreta heimisch, und eine einzige Pflanzenart kommt weltweit nur auf Chrisi vor. Dabei handelt es sich um eine Art der Herbstzeitlosen, Colchicum costurieri.