Ξεκινώντας από την χερσόνησο της Γραμβούσας, η βλάστηση χαρακτηρίζεται μονότονη, με κυριαρχούντα θαμνώδη τυπικά μεσογειακά είδη, όπως η αστοιβήδα (Sarcopoterium spinosum), το θυμάρι (Coridothymus capitatus),ο ασπάλαθος (Calicotome villosa), η λαδανιά (Cistus creticus). Επίσης συναντάμε έρπουσες μορφές σχοίνου (Pistacia lentiscus) και χαρουπιάς (Ceratonia siliqua).
Ένας επίσης διαφορετικός τύπος βλάστησης, αναπτύσσεται στις βραχώδεις απότομες ακτές και στα διάσπαρτα απόκρημνα βράχια της χερσονήσου της Γραμβούσας. Εδώ, συναντάμε πολλά σπάνια και ενδημικά είδη, όπως την ίνουλα (Inula candida), την αργυρόχρωμη κενταύρια (Centaurea argentea), το βρωμόχορτο (Scrophularia heterophylla), τον κρητικό έβενο (Ebenus cretica), καθώς και προστατευόμενα είδη, όπως την τουλίπα (Tulipa saxatilis subsp Saxatilis), το δίκταμο ή έρωντας (Origanum dictamnus) κι ένα είδος άγριου κρεμμυδιού (Alliym circinatum).
Στα νησιά Ήμερη και Άγρια Γραμβούσα, έχουν καταγραφεί 173 και 119 διαφορετικά είδη φυτών αντίστοιχα, μέχρι σήμερα. Μεταξύ αυτών, υπάρχει ένα είδος μαργαρίτας που συναντάται μόνο στις νησίδες και ανθίζει την άνοιξη, το Anthemis glaberrima. Αυτό, καθώς κι ένα κρινάκι, το Androcymbium rechingeri, που βρέθηκε στην Ήμερη Γραμβούσα, προστατεύονται από την ελληνική και την ευρωπαϊκή νομοθεσία.
Στην αμμώδη παραλία του Μπάλου, αναπτύσσεται μια άλλη μορφή βλάστησης. Τα θαμνώδη είδη όπως το ρείκι (Erica manipuliflora), η γενίστα (Genista acanthoclada), το θυμάρι (Coridothymus capitatus), ο σχοίνος (Pistacia lentiscus), εντυπωσιάζουν με τις μορφές και τα σχήματα, που αποκτούν στην προσπάθειά τους να ανταπεξέλθουν στις δύσκολες οικολογικές συνθήκες της περιοχής, όπως οι δυνατοί βόρειοι άνεμοι και η φυσική αστάθεια των αμμοθινών. Εδώ συναντάμε και τυπικά αμμόφιλα είδη, όπως η θαλάσσια μηδική (Medicago marina), η ψευδορλάγια (Pseudorlaya pumila),η υωσηρίδα (Hyoseris lucida), το κρίνο της παραλίας (Pancratium maritimum),η ψάθα (Ammophila arenaria), το προστατευόμενο είδος κενταύρια η νανώδης (Centaurea pumilio),τα οποία συμμετέχουν στη διατήρηση των αμμοθινών.
Στην ευρύτερη θαλάσσια περιοχή και μέχρι το βάθος που φτάνει το φως του ήλιου (ευφωτική ζώνη), υπάρχουν διαπλάσεις ή “λιβάδια” με το φυτό ποσειδώνια (Posidonia oceanica), το οποίο συναντάται μόνο στη Μεσόγειο. Η ύπαρξη των ποσειδωνιών, αποτελεί ένδειξη καθαρής θάλασσας και καταφύγιο πολλών ψαριών.