Площадь Спиналонги составляет 85 тыс. кв. м, высота над уровнем моря – 53 метра. Остров расположен у северного входа в залив Элунда. В древности, скорее всего, в эллинистический период (323 г. до н. э. - 30 г. до н. э.), остров был укреплен большим крепостным забором, который защищал вход в порт древнего города Олус.
Олус и весь регион в целом опустели в VII веке из-за арабских вторжений в Средиземноморье.
Город оставался заброшенным до середины XV века, когда венецианцы стали использовать эту местность для сбора соли из соленых вод залива. Таким образом, район приобрел значительную ценность как торговый центр и сюда стали съезжаться засельники.
Древнее название острова было Калидон, но после его оккупации венецианцами он стал называться Спиналонга, что означает «длинный шип».
На руинах древнего замка венецианцы построили мощную крепость, спроектированную в соответствии с фортификационной практикой бастионной системы Дженези Брессани и Латино Орсини.
В период венецианской оккупации крепость использовалась в военных целях. Здания, которые находились внутри нее, обеспечивали потребности гарнизона.
Во время Критской войны (1645-1669) беженцы и революционеры (хаинидес) бежали на Спиналонгу и, используя остров в качестве убежища, преследовали турок. Спиналонга оставалась в руках венецианцев до 1715 года, когда была завоевана турками.
В первые века турецкой оккупации крепость была изолирована и использовалась как место изгнания и заточения. Однако в конце XIX века ситуация изменилась. Роль порта Спиналонга возросла, поскольку он получил лицензию на экспортную торговлю. В середине XIX века на остров съехалось большое количество жителей, в основном купцов и моряков, которые, пользуясь безопасностью укрепленного поселения, стали налаживать торговые пути Восточного Средиземноморья.
Жизнь этого поселения была внезапно прервана из-за политических событий, произошедших на Крите в последние годы XIX века. Чувство тревоги, царившее среди турок Крита из-за революционных действий христиан, заставило большинство жителей Спиналонги эмигрировать. С 1897 года на Спиналонге размещались французские военные силы.
В 1903 году критское государство решило использовать заброшенный остров для создания лепрозория и отправить туда прокаженных жителей Крита. Сначала туда были перевезены 250 больных. Однако после 1913 года, когда Крит был объединен с Грецией, на остров стали приезжать пациенты как из Греции, так и из-за рубежа.
Больные жили в домах турецкого поселения и в современных зданиях, построенных в 1930-х годах. Строительство лепрозория и жилых помещений привело к кардинальным изменениям в древних укреплениях и постройках.
Тяжелая жизнь обреченных на страдания и одиночество пациентов, дала угрюмому острову эмоциональную нагрузку, превратив его в памятник мученичества.
К счастью, благодаря развитию медицины и использованию антибиотиков, с болезнью удалось справиться, и в 1957 году лепрозорий был закрыт.
После 1957 года остров оставался заброшенным в течение многих лет, вплоть до 1970-х годов, когда начались работы по реставрации венецианских стен, ремонту дорог и благоустройству зданий, которые продолжаются и по сей день.
Сейчас крепость и здания Спиналонги находятся в очень хорошем состоянии, остров ежегодно посещают тысячи туристов, и он является кандидатом на включение в список объектов Всемирного наследия ЮНЕСКО.