Η Σπιναλόγκα έχει έκταση 85 στρέμματα και 53 μέτρα υψόμετρο και βρίσκεται στη βόρεια είσοδο του κόλπου της Ελούντας.
Το νησί οχυρώθηκε αρχικά κατά την αρχαιότητα, το πιθανότερο κατά την ελληνιστική περίοδο (323 π.Χ-30 π.Χ.), με μεγάλο οχυρωματικό περίβολο, προκειμένου να προστατευτεί η είσοδος στο λιμάνι της αρχαίας πόλης Ολούς. Η Ολούς και γενικότερα η ευρύτερη περιοχή ερημώθηκαν το 7ο αιώνα, εξαιτίας των αραβικών επιδρομών στη Μεσόγειο.
Η πόλη παρέμεινε εγκαταλελειμμένη έως τα μέσα του 15ου αιώνα, όταν οι Ενετοί εκμεταλλεύτηκαν την περιοχή για συλλογή αλατιού από τα αλμυρά νερά του κόλπου. Έτσι, η περιοχή απέκτησε σημαντική αξία ως εμπορικό κέντρο και συστηματικά κατοικήθηκε ξανά.
Το αρχαίο όνομα του νησιού ήταν Καλυδών, αλλά μετά την κατάληψή του από τους Ενετούς ονομάστηκε Σπιναλόγκα, που σημαίνει «μακρύ αγκάθι».
Πάνω στα ερείπια αρχαίου κάστρου οι Βενετοί οικοδόμησαν ισχυρό φρούριο, που σχεδιάστηκε σύμφωνα με την οχυρωματική πρακτική του προμαχωνικού συστήματος από τον Genese Bressani και τον Latino Orsini.
Κατά την περίοδο της Ενετοκρατίας, το φρούριο χρησιμοποιήθηκε για στρατιωτικούς σκοπούς. Τα κτίσματα που υπήρχαν στο εσωτερικό του, κάλυπταν τις ανάγκες εγκατάστασης της φρουράς.
Την περίοδο του κρητικού πολέμου (1645-1669) κατέφυγαν στη Σπιναλόγκα πρόσφυγες και επαναστάτες (χαΐνηδες), που έχοντας σαν βάση τη νησίδα παρενοχλούν τους Τούρκους. Η Σπιναλόγκα όμως παρέμεινε στα χέρια των Ενετών μέχρι το 1715, οπότε κατακτήθηκε από τους Τούρκους.
Κατά τους πρώτους αιώνες της τουρκοκρατίας το φρούριο περιθωριοποιείται και χρησιμοποιείται ως τόπος εξορίας και απομόνωσης. Όμως κατά το τέλος του 19ου αι. τα δεδομένα αλλάζουν. Ο ρόλος του λιμανιού της Σπιναλόγκας αναβαθμίζεται, καθώς αποκτά άδεια εξαγωγικού εμπορίου. Κατά τα μέσα του 19ου αι. στη νησίδα συγκεντρώνεται μεγάλος αριθμός κατοίκων, στην πλειονότητά τους έμποροι και ναυτικοί, που επωφελούμενοι από την ασφάλεια του οχυρωμένου οικισμού, εκμεταλλεύονται τους εμπορι-κούς δρόμους της Ανατολικής Μεσογείου.
Η ζωή αυτού του οικισμού διακόπηκε απότομα λόγω των πολιτικών εξελίξεων που διαδραματίστηκαν στην Κρήτη, κατά τα τελευταία έτη του 19ου αι. Η ανασφάλεια που επικράτησε ανάμεσα στους Τούρκους της Κρήτης λόγω της επαναστατικής δράσης των χριστιανών, ανάγκασε την πλειονότητα των κατοίκων της Σπιναλόγκας σε μετανάστευση. Από το 1897 στο νησί και για ένα έτος περίπου στη Σπιναλόγκα, εγκαταστάθηκαν Γαλλικές στρατιωτικές δυνάμεις.
Το 1903 όμως η Κρητική Πολιτεία αποφάσισε να χρησιμοποιήσει το εγκαταλελειμμένο νησί για τη δημιουργία Λεπροκομείου και να απομονώσει εκεί τους λεπρούς της Κρήτης. Στην αρχή μεταφέρθηκαν εκεί 250 ασθενείς. Μετά το 1913 όμως, που η Κρήτη ενώθηκε με την Ελλάδα, άρχισαν να έρχονται περισσότεροι ασθενείς από την Ελλάδα και το εξωτερικό.
Οι ασθενείς κατοίκησαν στα κτίρια του τούρκικου οικισμού και σε σύγχρονα κτήρια που κατασκευάσθηκαν κατά τη δεκαετία του '30. Η οικοδομική δραστηριότητα του Λεπροκομείου, επέφερε δραματικές επεμβάσεις στα κτήρια του οικισμού και στις οχυρώσεις του φρουρίου.
Η δύσκολη ζωή των ασθενών, που διέμειναν στο νησί έως τότε, σηματοδότησε τον χώρο και τον φόρτισε συναισθηματικά καθιστώντας τον τόπο μαρτυρίου και ιστορικής μνήμης.
Ευτυχώς, με την πρόοδο της Ιατρικής και την χρήση αντιβιοτικών φαρμάκων, η ασθένεια καταπολεμήθηκε και το Λεπροκομείο έκλεισε το 1957.
Το νησί μετά το 1957 έμεινε αναξιοποίητο για πολλά χρόνια, έως την δεκαετία του ΄70 που άρχισαν και συνεχίζονται ακόμα εργασίες αναστύλωσης, επισκευής και βελτίωσης των ενετικών τειχών, των κτισμάτων και των δρόμων.
Πλέον το φρούριο και η πολιτεία της Σπιναλόγκας, είναι σε πολύ καλή κατάσταση και το νησί είναι τόπος επίσκεψης χιλιάδων επισκεπτών κάθε χρόνο, ενώ είναι υποψήφιο ένταξης στα μνημεία παγκόσμιας πολιτιστικής κληρονομιάς της UNESCO.