Koufonisi ist ein wichtiger Ort für Dutzende Zugvogel-Arten, die hierher kommen, um sich auszuruhen und Futter zu finden. Zu den hier brütenden Arten gehören die Steppenmöwe (Larus cacchinans), aber auch andere Meeresvögel wie der Gelbschnabel-Sturmtaucher (Calonectris diomedea), der Mittelmeer-Sturmtaucher (Puffinus yelkouan), die Krähenscharbe (Phalacrocorax aristotelis subsp. desmarestii) und einige Raubvögel wie der Adlerbussard (Buteo rufinus), der Wanderfalke (Falco peregrinus) und der Eleonorenfalke (Falco eleonorae).
Andere vorkommende Tiere sind die Eidechse Podarcis erhardi cretensis, die sich auf den weißen Felsen sonnt, und die Mittelmeer-Mönchsrobbe (Monachus monachus), die manchmal in den Meereshöhlen auftaucht.