По словам древнеримского историка Плиния, старинное название «лефки» (белый) обязано своим происхождением сверканию белого известняка и мергеля под солнечными лучами.
Своим нынешним названием «Куфониси» обязан отверстиям и пещерам, образовавшимся под воздействием моря и дождя в мягких породах.
Остров, как свидетельствуют результаты раскопок, процветал в римскую эпоху. Доказательством этому служит обнаруженный здесь театр вместимостью более 1000 мест. В те времена на этой территории занимались ловлей губки и обработкой пурпура - знаменитого красного красителя, широко используемого в эпоху античности и во времена Византии, который добывался из брюхоногого моллюска вида Murex brandaris. Из-за своего местоположения остров приобрел стратегическое значение. В свое время на него претендовали муниципалитеты г. Итанос и г. Иерапетра, но в конечном итоге остров достался г. Итанос.
В результате проведенных в течение последнего столетия раскопок были обнаружены удивительные находки. Среди прочих следует отметить каменный театр - самый южно расположенный в Европе античный театр вместимостью 1000 мест, а также имеющее важное значение поселение, которое было разграблено и разрушено в эпоху Античности. Здесь была обнаружена большая вилла с восемью хорошо сохранившимися комнатами, а также еще одно строение в поселении – с 16 комнатами. Наиболее существенной находкой, тем не менее, являются римские общественные бани, которые использовались с 1-го по 4-й век н.э. и отличались роскошным оформлением.
На юге острова даже был обнаружен храм, который, однако, не сохранился: простояв тысячи лет, в 1920 г. он был разрушен, а на его месте построили современный маяк. Отдельные элементы храма, как, например, части культовых предметов, стали частью стен маяка.
В эпоху ранней Византии остров служил прибежищем для монахов, ищущих уединения, которые вырезали лики святых и изречения на латинском языке в пещерах на южном побережье. Одна из надписей датируется 1638 г. И наконец, на северной стороне острова есть красивая маленькая церквушка, посвященная Святому Николаю, покровителю моряков. Сегодня остров используется рыбаками в качестве убежища во время сильных ветров и штормов на Ливийское море.
В последние годы его богатая история и наследие были тщательно изучены и получили широкое признание. Сегодня к ним могут приобщиться и посетители, разделяя наше уважение и бережное отношение к удивительным островам.