Come affermò lo storico romano Plinio, l'antico nome {i>Lefki <i}(in greco, bianco) era stato dato a causa del riflesso bianco del calcare e della marna alla luce del sole.
Il nome attuale "Koufonisi" è legato ai numerosi fosse e grotte modellate dal mare e dalla pioggia nelle rocce tenere.
Dagli scavi è emerso che l’isola ha conosciuto un periodo molto florido nell’epoca romana. A dimostrazione di questo è stato ritrovato un teatro con una capienza di oltre 1.000 posti a sedere. Nell’antichità era un luogo importante per la pesca delle spugne e la lavorazione della porpora di Tiro, il famoso colorante rosso utilizzato dagli antichi e dai bizantini che veniva estratto dal murice comune, un mollusco gasteropode. L'isola ha un’importanza strategica per la sua posizione ed era rivendicata sia dal comune di Ierapetra che da quello di Itanos, che alla fine è riuscito a spuntarla.
Gli scavi effettuati nel corso del secolo scorso hanno portato alla luce ritrovamenti sorprendenti. Tra gli altri, un teatro di pietra, il teatro antico più meridionale d'Europa, con una capacità di 1.000 posti a sedere e un importante insediamento che fu saccheggiato e distrutto nell’antichità. Fu scoperta anche l’esistenza di una grande villa con otto stanze ben conservate e un'altra casa di 16 stanze appartenenti allo stesso insediamento. La scoperta più importante, tuttavia, è il bagno pubblico di epoca romana, in uso dal I al IV secolo dopo Cristo e decorato in modo lussuoso.
È stato inoltre scoperto un tempio nella parte meridionale dell'isola che però, non essendo stato sottoposto a manutenzione nel corso di migliaia di anni, venne distrutto nel 1920 e sostituito da un faro moderno. Alcune parti del tempio, come alcuni elementi della statua di culto, sono state rinchiuse tra le pareti del faro.
Nei primi anni dell’epoca bizantina l'isola servì da eremo ai monaci che erano soliti intagliare immagini di santi con iscrizioni in lingua latina nelle grotte della costa meridionale. Una delle iscrizioni porta la data 1638. Infine, sul lato nord dell'isola, c'è una bella chiesetta dedicata a San Nicola, il santo patrono dei marinai. Oggi, l'isola è un rifugio per i pescatori in caso di vento forte e tempeste che si abbattono sul Mar Libico.
Negli ultimi anni, la sua ricca storia e la varietà del suo ambiente sono stati studiati e apprezzati e questa conoscenza viene ora condivisa con i visitatori, che hanno l'obbligo di rispettare e proteggere queste bellissime isole.