Comme mentionné par l'historien romain Plinos, l'ancien nom «Lefki» (blanc) avait été donné en raison de l'éclat de calcaire blanc et de marne au soleil.
«Koufonisi» doit son nom aux nombreux gouffres et grottes formés par la mer et la pluie dans les roches tendres.
Comme des fouilles l’ont révélé, l'île devint prospère à l'époque romaine. Le théâtre qui s'y trouve, avec plus de 1000 places, en est un parfait exemple. Dans l’antiquité, le site était idéal pour la pêche aux éponges et le traitement du pourpre de Tyr, un célèbre colorant rouge utilisé par les Anciens et les Byzantins, extrait du Murex brandaris gastéropode. L'île joue un rôle important en raison de son emplacement stratégique et a été revendiquée par les deux municipalités d’Itanos et Iérapétra, mais a finalement été accordée à Itanos.
Les fouilles réalisées au cours du siècle dernier ont permis de faire des découvertes étonnantes. Entre autres, un théâtre en pierre, le théâtre antique le plus au sud de l'Europe avec une capacité de 1000 places et un village important qui a été pillé et détruit dans l’antiquité. Une grande villa avec huit chambres bien conservées a également été découverte, ainsi qu’une autre maison dans le village avec 16 chambres. La découverte la plus importante, cependant, est le l'établissement de bains publics romains à la décoration luxueuse, qui était en usage du 1er au 4ème siècle apr. J.-C.
Un temple a même été découvert au sud de l'île, mais il n'a pas été entretenu et après des milliers d'années, il fut détruit en 1920 et remplacé par un phare moderne. Certaines parties du temple, comme des pièces des statues religieuses, ont été intégrées dans les murs du phare.
Pendant l’ère des Byzantins, l'île a servi d’ermitage aux moines, qui sculptaient des reproductions des saints et des inscriptions en latin dans les grottes sur la côte sud. L’une des inscriptions indique la date de 1638. Enfin, une belle petite église en l’honneur de Saint-Nicolas, le saint patron des marins, se trouve au nord de l’île. Aujourd'hui, l'île sert de refuge aux pêcheurs en cas de vents violents et de tempêtes en mer de Libye.
Au cours des dernières années, la richesse de son histoire et la diversité de son environnement ont été étudiées et reconnues. Les visiteurs en sont désormais informés et ont l’obligation de respecter et de protéger ces magnifiques îles.