L'isola di Chrisi vanta una foresta di cedri unica e spettacolare, l'unica del suo genere in Europa, che si estende su un'area di 350 ettari. Questa foresta ha una densità media di 14 alberi per ettaro ed è composta da alberi di età compresa tra i 200 e i 300 anni, coprendo circa un quarto dell'isola. Questi alberi appartengono a una rara varietà di ginepro marittimo, Juniperus macrocarpa, che può raggiungere un'altezza di 10 metri e avere tronchi con un diametro fino a 1 metro. I ginepri sviluppano un sistema radicale che si estende per almeno il doppio dell'altezza dell'albero. Oltre alle loro grandi radici, una vasta rete di radici sottili e filamentose forma una maglia densa che stabilizza la sabbia.
Il numero di specie vegetali presenti a Chrisi è sorprendentemente alto rispetto alle sue dimensioni, rappresentando 1/20 della flora totale di Creta. La vegetazione dominante comprende ginepri, cipressi arbustivi e lentischi, che esistono sia in forma arbustiva che arborea, insieme a una vegetazione adattata alla sabbia.
Altre caratteristiche botaniche notevoli includono i numerosi gigli di mare Pancratium maritimum, che crescono su quasi tutte le spiagge dell'isola, nonché piante sabulicole e succulente del genere Silene (Silene ammophila e Silene succulenta), e la Crepis cretica, un tipo di androsace cretese. Sono state registrate oltre 100 specie vegetali sull'isola, 13 delle quali endemiche della Grecia, cinque endemiche di Creta e una specie trovata esclusivamente a Chrisi, che non cresce in nessun altro luogo del mondo: un tipo di colchico, Colchicum costurieri.
