Η Χρυσή διαθέτει μοναδικό στην Ευρώπη καταπληκτικό κεδροδάσος, έκτασης 350 στρεμμάτων με μέσο όρο 14 δένδρα ανά στρέμμα και μέση ηλικία δένδρων 200-300 χρόνια, που καλύπτει περίπου το ¼ του νησιού. Τα δένδρα αυτά, είναι μια σπάνια ποικιλία από θαλασσόκεδρου Juniperus macrocarpa, φθάνουν στο ύψος μέχρι και 10μ., ενώ ο κορμός τους έχει διάμετρο μέχρι 1 μέτρο. Οι κέδροι, έχουν ριζικό σύστημα, που αναπτύσσεται σε ακτίνα τουλάχιστον διπλάσια από το ύψος τους. Εκτός από τις μεγάλες ρίζες τους, μια πολύ μεγάλη ποσότητα λεπτότατων ριζών διαμορφώνουν ένα πυκνό πλέγμα, που συγκρατεί την άμμο.
Ο αριθμός των φυτικών ειδών της Χρυσής, είναι πολύ μεγάλος σε σχέση με την έκτασή της και αντιστοιχεί στο 1/20 της Κρητικής χλωρίδας. Κυριαρχεί ο κέδρος, το θαμνοκυπάρισσο, ο σχίνος, που υπάρχουν σε μορφή θάμνου και δένδρου και αμμόφιλη βλάστηση.
Άλλα εντυπωσιακά χλωριδικά στοιχεία είναι οι πολυάριθμοι θαλασσόκρινοι Pancratium maritimum σε όλες σχεδόν τις παραλίες του νησιού, οι αμμόφιλες και οι σαρκώδεις σιληνές (Silene ammophila και Silene succulenta), καθώς και η κρητική συρίδα Crepis cretica. Έχουν καταγραφεί πάνω από 100 είδη φυτών. Τα 13 είναι ενδημικά της Ελλάδας, από τα οποία 5 είναι ενδημικά της Κρήτης και ένα, είναι ενδημικό της Χρυσής, που απαντάται από ολόκληρο τον κόσμο, μόνο στο νησί. Αυτό είναι ένα είδος κολχικού, το Colchicum Costurieri.
